Корни используют в форме порошка, настоя, сухого экстракта и сиропа, траву — для получения препарата мукалтина. В медицинской практике алтей лекарственный применяется издавна. В настоящее время препараты из корня алтея входят в фармакопеи различных стран. Является основным действующим веществом в лекарственном препарате мукалтин. Корни алтея обладают отхаркивающими, противовоспалительными свойствами, применяются при острых и хронических заболеваниях дыхательных путей и глотки, сопровождающихся трудным откашливанием мокроты, при воспалении миндалин и мягкого нёба, трахеита. Препараты алтея применяются в качестве обволакивающего средства при заболеваниях желудка: язве, гастрите, колитах, а также при поносах. Терапевтический эффект обусловлен содержанием большого количества слизистых веществ, которые обладают обволакивающим действием и предохраняют нервные окончания слизистой оболочки зева и желудочно-кишечного тракта от раздражающих влияний различных веществ. Кроме того, слизистые вещества, содержащиеся в препаратах, способствуют замедлению всасывания и более длительному местному действию различных лекарственных средств. Цветки алтея применяют при заболеваниях почек и мочевого пузыря. Широко применяется в народной медицине многих народов как в качестве наружного (примочки, полоскания — при воспалениях, опухолях, ожогах, лишаях), так и внутреннего средства (при кашле, отравлении и др.). В Болгарии применяют чай из цветков, отвар и порошок из корней по тем же показаниям. Как наружное в сборах применяется в качестве мягчительного средства (припарки). Учитывая важное значение алтея как сырья для фармацевтической промышленности, болгарские селекционеры создали высокопродуктивный сорт алтея лекарственного под названием «Русалка», который выращивают в некоторых хозяйствах Болгарии